O CNDM foi criado pela Lei 7.353 de 1985, ano do primeiro governo civil após a Ditadura Militar. Conquistado pelo movimento feminista e integrado por militantes engajadas na luta pela democracia e pelos direitos das mulheres, o órgão fez a ponte entre as demandas das mulheres, em sua diversidade, e os poderes públicos. Dispondo de um fundo especial, o CNDM tinha autonomia administrativa e operava com um Conselho Deliberativo, Secretaria Executiva e Assessoria Técnica. Embora vinculado ao Ministério da Justiça, cabia ao Presidente da República nomear a Presidente do Conselho e designar o Conselho Deliberativo, formado por 17 mulheres e três suplentes, sendo 1/3 dos nomes indicados pela sociedade civil. O Conselho Deliberativo era majoritariamente formado por feministas autônomas de diversas regiões.
O CNDM desenvolveu projetos e realizou campanhas, sempre em interlocução com os diversos segmentos dos movimentos de mulheres. Teve atuação crucial no processo constituinte, quando coordenou a campanha “Constituinte sem mulher fica pela metade”. O órgão manteve este perfil até 1989, quando sofreu esvaziamento a partir de decisões do Governo Federal. Voltou a ter uma atividade relevante no período das Conferências do Cairo (1994) e de Pequim (1995), coordenando os trabalhos da Delegação Brasileira. Em 2003, o CNDM passou a integrar a estrutura da Secretaria de Políticas para as Mulheres. Sua função hoje é apoiar a SPM em suas articulações com as instituições governamentais e com a sociedade civil.